19世紀，長崎的一部分基督教徒聽説移居黑島的原牧場遺址進行重新開發可以獲得獎勵，便來到了黑島，與當地的聚落和平共處。表面上信仰佛教，而實際上在佛教寺院裏他們祭拜的是瑪麗亞觀音，就這樣秘密地維持著這個組織。解禁後，他們恢復信仰，在島中心建造了教堂，結束了他們長時間的秘密信仰。2018年7月，「長崎和天草地方禁教時期基督教徒相關遺産」被指定爲世界遺産，黑島天主堂就是構成資產之一。
【參觀教堂注意事項】
個人、團體參觀均需提前聯繫。
聯絡方式：長崎和天草地方禁教時期基督教徒相關遺産資訊中心
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